La saison 2006 du Championnat du Burkina Faso de football est la quarante-quatrième édition de la première division au Burkina Faso, organisée sous forme de poule unique, le Championnat National, où toutes les équipes se rencontrent deux fois au cours de la saison. En fin de saison, le dernier du classement est relégué et remplacé par le champion de deuxième division tandis que le club classé 13e affronte le deuxième de D2 en barrage de promotion-relégation.
C'est l'ASFA Yennenga qui remporte la compétition cette saison après avoir terminé en tête du classement final, avec un seul point d'avance sur le tenant du titre, le Rail Club du Kadiogo et trois sur l'US Ouagadougou. C'est le huitième titre de champion du Burkina Faso de l'histoire du club, le quatrième en cinq saisons.
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Barrage de promotion-relégation
Le 13e du Championnat national affronte le 2e de D2 en barrage pour déterminer le dernier club participant au championnat de première division la saison suivante.
Les résultats des rencontres ne sont pas connus mais on sait que Bobo Sports obtient sa promotion pour le Championnat National au détriment de l'US FRAN.