La saison 2006 de Barclays First Division est la vingt-septième édition de la première division seychelloise. Les dix meilleures équipes du pays s'affrontent en matchs aller et retour au sein d'une poule unique. À la fin du championnat, le dernier du classement est relégué et remplacé par la meilleure équipe de deuxième division, et l'avant-dernier affronte le second de D2, lors d'un barrage.
C'est le club de l'Anse Réunion FC qui a été sacré champion des Seychelles pour la première fois de son histoire. Le club termine en tête du classement final du championnat, avec deux points d'avance sur Saint-Michel United et dix sur le tenant du titre La Passe FC.