IRF1

Регуляторный фактор интерферона 1
PDB rendering based on 1if1.PDB rendering based on 1if1.
Доступные структуры
PDB Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Список идентификаторов PDB

1if1

Идентификаторы
Символ IRF1 ; IRF-1; MAR
Внешние ID OMIM: 147575 MGI: 96590 HomoloGene: 1658 GeneCards: Ген IRF1
Функция • RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding

• DNA binding
• sequence-specific DNA binding transcription factor activity

• protein binding
Компонент клетки • nuclear chromatin

• nucleus
• nucleoplasm
• cytoplasm

• cytosol
Биологический процесс • regulation of adaptive immune response

• transcription from RNA polymerase II promoter
• apoptotic process
• cell cycle arrest
• blood coagulation
• negative regulation of cell proliferation
• cytokine-mediated signaling pathway
• positive regulation of type I interferon production
• positive regulation of interferon-beta production
• regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway
• cellular response to interferon-beta
• CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation
• positive regulation of interleukin-12 biosynthetic process
• regulation of innate immune response
• negative regulation of regulatory T cell differentiation
• negative regulation of transcription, DNA-templated
• positive regulation of transcription, DNA-templated
• positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
• defense response to virus
• regulation of cell cycle
• interferon-gamma-mediated signaling pathway
• type I interferon signaling pathway
• cellular response to mechanical stimulus

• regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation
Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
Больше информации
Ортологи
Вид Человек Мышь
Entrez 3659 16362
Ensembl ENSG00000125347 ENSMUSG00000018899
UniProt P10914 P15314
RefSeq (мРНК) NM_002198 NM_001159393
RefSeq (белок) NP_002189 NP_001152865
Локус (UCSC) Chr 5:
131.82 – 131.83 Mb		 Chr 11:
53.77 – 53.78 Mb
Поиск в PubMed Искать Искать

Регуляторный фактор интерферон 1 — белок, который у человека кодируется геном IRF1.[1][2]

Функция

Регуляторный фактор Интерферон 1 первым из членов семейства регуляторных факторов транскрипции (IRF) интерферона был идентифицирован. Сначала был описан, как фактор транскрипции, способный активировать экспрессию цитокинов интерферона бета[англ.],[3] но впоследствии было выявлено, что IRF-1 может функционировать в качестве активатора транскрипции или репрессора различных генов-мишеней. IRF-1 регулирует экспрессию генов-мишеней путём связывания с интерфероном стимулирующих элементов ответа (ISRE) в своих промоторах . Белок IRF-1 связывается с ISRE через N-терминальные спираль-поворот-спираль ДНК-связывающие домены,[4], которые высоко консервативны среди всех белков IRF.

Также было выявлено, что помимо своей функции в качестве фактора транскрипции, IRF-1 способен трансактивировать белок-супрессор опухолей р53 посредством его кофактора p300[англ.].[5]

IRF-1, как было выявлено, играет роль в иммунных откликах, регулирующих апоптоз, повреждения ДНК и подавление опухолей.[6]

Регуляция

Было выявлено, что экстремальное С-окончание[англ.] IRF-1 регулирует способность активировать транскрипцию, нанотела[англ.], направленные в эту область (MF1) способны увеличивать активность IRF-1.[7]

Модельные организмы

Irf1 фенотип нокаутных мышей
Характеристики фенотип
Жизнеспособность Homozygote Норма
Плодородие Норма
Вес тела Норма
Тревога Норма
Неврологическое обследование Норма
Сила хватания Норма
Горячая пластина Норма
Дисморфология Норма
Непрямая калориметрия Норма
Тест толерантности к глюкозе Норма
Отклик ствола мозга Норма
ДЭРА Норма
Рентгенография Норма
Температура тела Норма
Морфология глаз Норма
Клиническая химия Норма
Гематология Норма
Лимфоциты периферической крови Аномальный
Тест микроядер Норма
Вес сердца Норма
Tail epidermis wholemount Аномальный
Гистопатология кожи Normal
Гистопатология мозга Normal
Гистопатология глаз Норма
Citrobacter infection Normal[8]
Все тесты и анализы от[9][10]

Модельные организмы были использованы при исследовании функций IRF1. Условная линия нокаутных мышей, называемая Irf1tm1a(EUCOMM)Wtsi,[11][12] была создана в рамках международной программы консорциума Нокаутная мышь[англ.] - большой мутагенезный проект для создания и распространения модельных животных для изучения болезней заинтересованными учёными - в институте Сенгера.[13][14][15]

Самцы и самки животных прошли стандартное фенотипическое обследование[англ.], чтобы определить влияние удаления.[9][16] Двадцать пять испытаний были проведены и два фенотипических параметра оказались аномальными. Гомозиготные[англ.] мутантные животные имели патологию лимфоцитов периферической крови[англ.], в частности, уменьшение числа CD8-положительных Т-клеток и NK клеток и увеличение CD4-положительных Т-клеток. Мыши также имели аномалии фенотипа кожного покрова, определённого изучением хвостового эпидермиса.[9]

Взаимодействия

IRF1 было показано, взаимодействуют с:

  • CHIP[17]
  • GAGE[18]
  • HSP70 / HSP90[19]
  • IRF8[20][21]
  • KPNA2[22]
  • MYD88[23]
  • PCAF[24]
  • STAT1[25]
  • TAT[26]
  • VEGFR2[27]

См. также

Примечания

  1. ↑ Maruyama M., Fujita T., Taniguchi T. Sequence of a cDNA coding for human IRF-1 (англ.) // Nucleic Acids Res : journal. — 1989. — June (vol. 17, no. 8). — P. 3292. — doi:10.1093/nar/17.8.3292. — PMID 2726461. — PMC 317732.
  2. ↑ Itoh S., Harada H., Nakamura Y., White R., Taniguchi T. Assignment of the human interferon regulatory factor-1 (IRF1) gene to chromosome 5q23-q31 (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 1991. — November (vol. 10, no. 4). — P. 1097—1099. — doi:10.1016/0888-7543(91)90208-V. — PMID 1680796.
  3. ↑ Miyamoto M., Fujita T., Kimura Y., Maruyama M., Harada H., Sudo Y., Miyata T., Taniguchi T. Regulated expression of a gene encoding a nuclear factor, IRF-1, that specifically binds to IFN-beta gene regulatory elements (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1988. — September (vol. 54, no. 6). — P. 903—913. — doi:10.1016/S0092-8674(88)91307-4. — PMID 3409321.
  4. ↑ Escalante C.R., Yie J., Thanos D., Aggarwal A.K. Structure of IRF-1 with bound DNA reveals determinants of interferon regulation (англ.) // Nature : journal. — 1998. — January (vol. 391, no. 6662). — P. 103—106. — doi:10.1038/34224. — PMID 9422515.
  5. ↑ Dornan D., Eckert M., Wallace M., Shimizu H., Ramsay E., Hupp T.R., Ball K.L. Interferon regulatory factor 1 binding to p300 stimulates DNA-dependent acetylation of p53 (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2004. — November (vol. 24, no. 22). — P. 10083—10098. — doi:10.1128/MCB.24.22.10083-10098.2004. — PMID 15509808. — PMC 525491.
  6. ↑ Entrez Gene: IRF1 interferon regulatory factor 1  (неопр.). Архивировано 8 марта 2010 года.
  7. ↑ Möller A., Pion E., Narayan V., Ball K.L. Intracellular activation of interferon regulatory factor-1 by nanobodies to the multifunctional (Mf1) domain (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2010. — December (vol. 285, no. 49). — P. 38348—38361. — doi:10.1074/jbc.M110.149476. — PMID 20817723. — PMC 2992268.
  8. ↑ Citrobacter infection data for Irf1  (неопр.). Wellcome Trust Sanger Institute. Дата обращения: 19 марта 2015. Архивировано 3 апреля 2015 года.
  9. ↑ 1 2 3 Gerdin A.K. The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice (англ.) // Acta Ophthalmologica[англ.] : journal. — Wiley-Liss, 2010. — Vol. 88, no. S248. — doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x.
  10. ↑ Mouse Resources Portal Архивная копия от 24 декабря 2011 на Wayback Machine, Wellcome Trust Sanger Institute.
  11. ↑ International Knockout Mouse Consortium  (неопр.). Дата обращения: 19 марта 2015. Архивировано из оригинала 20 марта 2012 года.
  12. ↑ Mouse Genome Informatics  (неопр.). Дата обращения: 19 марта 2015. Архивировано 9 января 2015 года.
  13. ↑ Skarnes W.C., Rosen B., West A.P., Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica A.O., Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong P.J., Stewart A.F., Bradley A. A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function (англ.) // Nature : journal. — 2011. — Vol. 474, no. 7351. — P. 337—342. — doi:10.1038/nature10163. — PMID 21677750. — PMC 3572410.
  14. ↑ Dolgin E. Mouse library set to be knockout (англ.) // Nature. — 2011. — June (vol. 474, no. 7351). — P. 262—263. — doi:10.1038/474262a. — PMID 21677718.
  15. ↑ Collins F.S., Rossant J., Wurst W. A mouse for all reasons (англ.) // Cell. — Cell Press, 2007. — January (vol. 128, no. 1). — P. 9—13. — doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. — PMID 17218247.
  16. ↑ van der Weyden L., White J.K., Adams D.J., Logan D.W. The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism. (англ.) // Genome Biol[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 12, no. 6. — P. 224. — doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. — PMID 21722353. — PMC 3218837.
  17. ↑ Narayan V., Pion E., Landré V., Müller P., Ball K.L. Docking dependent ubiquitination of the interferon regulatory factor-1 tumour suppressor protein by the ubiquitin ligase CHIP (англ.) // J Biol Chem. : journal. — 2010. — October (vol. 286, no. 1). — P. 607—619. — doi:10.1074/jbc.M110.153122. — PMID 20947504. — PMC 3013021.
  18. ↑ Kular R.K., Yehiely F., Kotlo K.U., Cilensek Z.M., Bedi R., Deiss L.P. GAGE, an antiapoptotic protein binds and modulates the expression of nucleophosmin/B23 and interferon regulatory factor 1 (англ.) // J. Interferon Cytokine Res. : journal. — 2009. — October (vol. 29, no. 10). — P. 645—655. — doi:10.1089/jir.2008.0099. — PMID 19642896.
  19. ↑ Narayan V., Eckert M., Zylicz A., Zylicz M., Ball K.L. Cooperative regulation of the interferon regulatory factor-1 tumor suppressor protein by core components of the molecular chaperone machinery (англ.) // J Biol Chem. : journal. — 2009. — September (vol. 284, no. 38). — P. 25889—25899. — doi:10.1074/jbc.M109.019505. — PMID 19502235. — PMC 2757990.
  20. ↑ Schaper F., Kirchhoff S., Posern G., Köster M., Oumard A., Sharf R., Levi B.Z., Hauser H. Functional domains of interferon regulatory factor I (IRF-1) (англ.) // Biochem. J.[англ.] : journal. — 1998. — October (vol. 335, no. 1). — P. 147—157. — PMID 9742224. — PMC 1219763.
  21. ↑ Sharf R., Azriel A., Lejbkowicz F., Winograd S.S., Ehrlich R., Levi B.Z. Functional domain analysis of interferon consensus sequence binding protein (ICSBP) and its association with interferon regulatory factors (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1995. — June (vol. 270, no. 22). — P. 13063—13069. — doi:10.1074/jbc.270.22.13063. — PMID 7768900.
  22. ↑ Umegaki N., Tamai K., Nakano H., Moritsugu R., Yamazaki T., Hanada K., Katayama I., Kaneda Y. Differential regulation of karyopherin alpha 2 expression by TGF-beta1 and IFN-gamma in normal human epidermal keratinocytes: evident contribution of KPNA2 for nuclear translocation of IRF-1 (англ.) // J. Invest. Dermatol.[англ.] : journal. — 2007. — June (vol. 127, no. 6). — P. 1456—1464. — doi:10.1038/sj.jid.5700716. — PMID 17255955.
  23. ↑ Negishi H., Fujita Y., Yanai H., Sakaguchi S., Ouyang X., Shinohara M., Takayanagi H., Ohba Y., Taniguchi T., Honda K. Evidence for licensing of IFN-gamma-induced IFN regulatory factor 1 transcription factor by MyD88 in Toll-like receptor-dependent gene induction program (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2006. — October (vol. 103, no. 41). — P. 15136—15141. — doi:10.1073/pnas.0607181103. — PMID 17018642. — PMC 1586247.
  24. ↑ Masumi A., Wang I.M., Lefebvre B., Yang X.J., Nakatani Y., Ozato K. The histone acetylase PCAF is a phorbol-ester-inducible coactivator of the IRF family that confers enhanced interferon responsiveness (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1999. — March (vol. 19, no. 3). — P. 1810—1820. — PMID 10022868. — PMC 83974.
  25. ↑ Chatterjee-Kishore M., van Den Akker F., Stark G.R. Adenovirus E1A down-regulates LMP2 transcription by interfering with the binding of stat1 to IRF1 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2000. — July (vol. 275, no. 27). — P. 20406—20411. — doi:10.1074/jbc.M001861200. — PMID 10764778.
  26. ↑ Sgarbanti M., Borsetti A., Moscufo N., Bellocchi M.C., Ridolfi B., Nappi F., Marsili G., Marziali G., Coccia E.M., Ensoli B., Battistini A. Modulation of human immunodeficiency virus 1 replication by interferon regulatory factors (англ.) // Journal of Experimental Medicine[англ.] : journal. — Rockefeller University Press[англ.], 2002. — May (vol. 195, no. 10). — P. 1359—1370. — doi:10.1084/jem.20010753. — PMID 12021315. — PMC 2193759.
  27. ↑ Lee J.H., Chun T., Park S.Y., Rho S.B. Interferon regulatory factor-1 (IRF-1) regulates VEGF-induced angiogenesis in HUVECs (англ.) // Biochim. Biophys. Acta[англ.] : journal. — 2008. — September (vol. 1783, no. 9). — P. 1654—1662. — doi:10.1016/j.bbamcr.2008.04.006. — PMID 18472010.

Литература

  • Harada H., Taniguchi T., Tanaka N. The role of interferon regulatory factors in the interferon system and cell growth control (англ.) // Biochimie[англ.] : journal. — 1999. — Vol. 80, no. 8—9. — P. 641—650. — doi:10.1016/S0300-9084(99)80017-0. — PMID 9865486.
  • Pitha P.M., Au W.C., Lowther W., Juang Y.T., Schafer S.L., Burysek L., Hiscott J., Moore P.A. Role of the interferon regulatory factors (IRFs) in virus-mediated signaling and regulation of cell growth (англ.) // Biochimie[англ.] : journal. — 1999. — Vol. 80, no. 8—9. — P. 651—658. — doi:10.1016/S0300-9084(99)80018-2. — PMID 9865487.
  • Yu-Lee L. Stimulation of interferon regulatory factor-1 by prolactin (англ.) // Lupus : journal. — 2002. — Vol. 10, no. 10. — P. 691—699. — doi:10.1191/096120301717164921. — PMID 11721695.
  • Pine R. IRF and tuberculosis (неопр.) // J. Interferon Cytokine Res.. — 2002. — Т. 22, № 1. — С. 15—25. — doi:10.1089/107999002753452629. — PMID 11846972.
  • Romeo G., Fiorucci G., Chiantore M.V., Percario Z.A., Vannucchi S., Affabris E. IRF-1 as a negative regulator of cell proliferation (неопр.) // J. Interferon Cytokine Res.. — 2002. — Т. 22, № 1. — С. 39—47. — doi:10.1089/107999002753452647. — PMID 11846974.
  • Cha Y., Sims S.H., Romine M.F., Kaufmann M., Deisseroth A.B. Human interferon regulatory factor 1: intron-exon organization (англ.) // DNA Cell Biol.[англ.] : journal. — 1992. — Vol. 11, no. 8. — P. 605—611. — doi:10.1089/dna.1992.11.605. — PMID 1382447.
  • Harada H., Fujita T., Miyamoto M., Kimura Y., Maruyama M., Furia A., Miyata T., Taniguchi T. Structurally similar but functionally distinct factors, IRF-1 and IRF-2, bind to the same regulatory elements of IFN and IFN-inducible genes (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1989. — Vol. 58, no. 4. — P. 729—739. — doi:10.1016/0092-8674(89)90107-4. — PMID 2475256.
  • Miyamoto M., Fujita T., Kimura Y., Maruyama M., Harada H., Sudo Y., Miyata T., Taniguchi T. Regulated expression of a gene encoding a nuclear factor, IRF-1, that specifically binds to IFN-beta gene regulatory elements (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1988. — Vol. 54, no. 6. — P. 903—913. — doi:10.1016/S0092-8674(88)91307-4. — PMID 3409321.
  • Harada H., Takahashi E., Itoh S., Harada K., Hori T.A., Taniguchi T. Structure and regulation of the human interferon regulatory factor 1 (IRF-1) and IRF-2 genes: implications for a gene network in the interferon system (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1994. — Vol. 14, no. 2. — P. 1500—1509. — PMID 7507207. — PMC 358505.
  • Sharf R., Azriel A., Lejbkowicz F., Winograd S.S., Ehrlich R., Levi B.Z. Functional domain analysis of interferon consensus sequence binding protein (ICSBP) and its association with interferon regulatory factors (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1995. — Vol. 270, no. 22. — P. 13063—13069. — doi:10.1074/jbc.270.22.13063. — PMID 7768900.
  • Willman C.L., Sever C.E., Pallavicini M.G., Harada H., Tanaka N., Slovak M.L., Yamamoto H., Harada K., Meeker T.C., List A.F. Deletion of IRF-1, mapping to chromosome 5q31.1, in human leukemia and preleukemic myelodysplasia (англ.) // Science : journal. — 1993. — Vol. 259, no. 5097. — P. 968—971. — doi:10.1126/science.8438156. — PMID 8438156.
  • Drew P.D., Franzoso G., Becker K.G., Bours V., Carlson L.M., Siebenlist U., Ozato K. NF kappa B and interferon regulatory factor 1 physically interact and synergistically induce major histocompatibility class I gene expression (англ.) // J. Interferon Cytokine Res. : journal. — 1997. — Vol. 15, no. 12. — P. 1037—1045. — doi:10.1089/jir.1995.15.1037. — PMID 8746784.
  • Ronco L.V., Karpova A.Y., Vidal M., Howley P.M. Human papillomavirus 16 E6 oncoprotein binds to interferon regulatory factor-3 and inhibits its transcriptional activity (англ.) // Genes Dev. : journal. — 1998. — Vol. 12, no. 13. — P. 2061—2072. — doi:10.1101/gad.12.13.2061. — PMID 9649509. — PMC 316980.
  • Nozawa H., Oda E., Ueda S., Tamura G., Maesawa C., Muto T., Taniguchi T., Tanaka N. Functionally inactivating point mutation in the tumor-suppressor IRF-1 gene identified in human gastric cancer (англ.) // Int. J. Cancer[англ.] : journal. — 1998. — Vol. 77, no. 4. — P. 522—527. — doi:10.1002/(SICI)1097-0215(19980812)77:4<522::AID-IJC8>3.0.CO;2-W. — PMID 9679752.
  • Schaper F., Kirchhoff S., Posern G., Köster M., Oumard A., Sharf R., Levi B.Z., Hauser H. Functional domains of interferon regulatory factor I (IRF-1) (англ.) // Biochem. J.[англ.] : journal. — 1998. — Vol. 335, no. 1. — P. 147—157. — PMID 9742224. — PMC 1219763.
  • Masumi A., Wang I.M., Lefebvre B., Yang X.J., Nakatani Y., Ozato K. The histone acetylase PCAF is a phorbol-ester-inducible coactivator of the IRF family that confers enhanced interferon responsiveness (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1999. — Vol. 19, no. 3. — P. 1810—1820. — PMID 10022868. — PMC 83974.