HAVCR2 |
---|
|
Доступные структуры |
---|
PDB | Поиск ортологов: PDBe RCSB |
---|
Список идентификаторов PDB |
---|
5F71 |
|
|
Идентификаторы |
---|
Псевдонимы | HAVCR2, HAVcr-2, KIM-3, TIM3, TIMD-3, TIMD3, Tim-3, CD366, hepatitis A virus cellular receptor 2, SPTCL |
---|
Внешние ID | OMIM: 606652 MGI: 2159682 HomoloGene: 129541 GeneCards: HAVCR2 |
---|
|
Расположение гена (Мышь) |
---|
![11-я хромосома мыши](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a5/Ideogram_house_mouse_chromosome_11.svg/260px-Ideogram_house_mouse_chromosome_11.svg.png) | Хр. | 11-я хромосома мыши[2] |
---|
| Локус | 11|11 B1.1 | Начало | 46,345,762 bp[2] |
---|
Конец | 46,372,082 bp[2] |
---|
|
Паттерн экспрессии РНК |
---|
Bgee | Человек | Мышь (ортолог) |
---|
Наибольшая экспрессия в | - C1 segment
- upper lobe of left lung
- decidua
|
| Наибольшая экспрессия в | - decidua
- stroma of bone marrow
- lumbar subsegment of spinal cord
- endothelial cell of lymphatic vessel
- primary visual cortex
- dentate gyrus of hippocampal formation granule cell
|
| Дополнительные справочные данные |
|
---|
BioGPS | ![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c8/PBB_GE_HAVCR2_gnf1h00938_at_fs.png/250px-PBB_GE_HAVCR2_gnf1h00938_at_fs.png)
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/68/PBB_GE_HAVCR2_gnf1h00940_at_fs.png/250px-PBB_GE_HAVCR2_gnf1h00940_at_fs.png) | Дополнительные справочные данные |
|
---|
|
Генная онтология |
---|
Молекулярная функция | - связывание с ионом металла
- связывание с белками плазмы
| Компонент клетки | - часть мембраны
- мембрана
- межклеточные контакты
- early endosome
- Иммунологический синапс
- поверхность клетки
- mediator complex
| Биологический процесс | - negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target
- negative regulation of defense response to bacterium
- negative regulation of interferon-gamma production
- negative regulation of immunological synapse formation
- adaptive immune response
- maternal process involved in female pregnancy
- positive regulation of cytokine production
- negative regulation of natural killer cell activation
- immune system process
- negative regulation of immune response to tumor cell
- negative regulation of interleukin-6 production
- negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production
- natural killer cell tolerance induction
- positive regulation of interferon-gamma production
- positive regulation of macrophage activation
- regulation of tolerance induction dependent upon immune response
- negative regulation of T-helper 1 type immune response
- positive regulation of defense response to bacterium
- positive regulation of interleukin-4 production
- negative regulation of gene expression
- positive regulation of NIK/NF-kappaB signaling
- negative regulation of myeloid dendritic cell activation
- macrophage activation involved in immune response
- negative regulation of T cell proliferation
- positive regulation of T cell proliferation
- positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
- positive regulation of innate immune response
- negative regulation of interferon-alpha production
- negative regulation of innate immune response
- positive regulation of chemokine production
- negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell
- negative regulation of tumor necrosis factor production
- toll-like receptor 9 signaling pathway
- negative regulation of type I interferon production
- врождённый иммунитет
- воспалительная реакция
- negative regulation of interleukin-3 production
- negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity
- toll-like receptor 3 signaling pathway
- negative regulation of interleukin-2 production
- cellular response to lipopolysaccharide
- positive regulation of interleukin-1 production
- toll-like receptor 7 signaling pathway
- defense response to Gram-positive bacterium
- regulation of transcription by RNA polymerase II
| Источники: Amigo, QuickGO |
|
Ортологи |
---|
Вид | Человек | Мышь |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | |
---|
RefSeq (белок) | | |
---|
Локус (UCSC) | Chr 5: 157.09 – 157.14 Mb | Chr 11: 46.35 – 46.37 Mb |
---|
Поиск по PubMed | Искать[3] | Искать[4] |
---|
|
Информация в Викиданных |
Смотреть (человек) | Смотреть (мышь) |
|
HAVCR2, или TIM-3 (англ. Hepatitis A virus cellular receptor 2, или T-cell immunoglobulin and mucin domain 3) — мембранный белок, продукт гена HAVCR2.
Белок был впервые описан в 2002 году на поверхности интерферон-гамма-продуцирующих CD4+ Th1 и CD8+ Tc1 клеток[5][6]. Позже экспрессия HAVCR2 была обнаружена также на клетках Th17[7], регуляторных T-клетках[8], а также на дендритных клетках, естественных киллерах, моноцитах[9].
Функции
HAVCR2 является иммунным чекпоинтом вместе с другими ингибирующими рецепторами PD-1 и LAG3 и опосредует истощение CD8+ T-лимфоцитов[10]. Рецептор на поверхности CD4+ Th1-клеток также регулирует активацию макрофагов и усиливать экспериментальный аутоиммунный энцефаломиелит у мышей[5].
Основным лигандом HAVCR2 является галектин-9[11]. Взаимодействие с ним приводит к выходу кальция во внутриклеточную среду и вызывает апоптоз[12]. В результате это приводит к подавлению Th1- и Th17-клеточного иммунного ответа и вызывает иммунную толерантность. Другие лиганды HAVCR2 - фосфатидилсерин[13], HMGB1[14] и CEACAM1[15].
Структура
Белок состоит из 301 аминокислоты, молекулярная масса — 33,4 кДа. HAVCR2 принадлежит к семейству рецепторных белков клеточной поверхности TIM. Белки семейства TIM являются гликопротеинами клеточной поверхности, в структуре которых присутствуют иммуноглобулино-подобный домен IgV и гликозилированный муциновый домен, расположенный вблизи мембраны[16], а также один трансмембранный домен и короткий C-концевой цитоплазматический фрагмент. Содержит 5 консервативных тирозиновых остатков, которые отвечают за взаимодействие с комплексом Т-клеточного рецептора[17][18] и отрицательно регулируют его функцию[19].
Примечания
- ↑ 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000135077 - Ensembl, May 2017
- ↑ 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020399 - Ensembl, May 2017
- ↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ↑ 1 2 Monney L., Sabatos C. A., Gaglia J. L., Ryu A., Waldner H., Chernova T., Manning S., Greenfield E. A., Coyle A. J., Sobel R. A., Freeman G. J., Kuchroo V. K. Th1-specific cell surface protein Tim-3 regulates macrophage activation and severity of an autoimmune disease (англ.) // Nature : journal. — 2002. — January (vol. 415, no. 6871). — P. 536—541. — doi:10.1038/415536a. — PMID 11823861.
- ↑ Entrez Gene: HAVCR2 hepatitis A virus cellular receptor 2 (неопр.).
- ↑ Hastings W. D., Anderson D. E., Kassam N., Koguchi K., Greenfield E. A., Kent S. C., Zheng X. X., Strom T. B., Hafler D. A., Kuchroo V. K. TIM-3 is expressed on activated human CD4+ T cells and regulates Th1 and Th17 cytokines (англ.) // European Journal of Immunology[англ.] : journal. — 2009. — September (vol. 39, no. 9). — P. 2492—2501. — doi:10.1002/eji.200939274. — PMID 19676072. — PMC 2759376.
- ↑ Gao X., Zhu Y., Li G., Huang H., Zhang G., Wang F., Sun J., Yang Q., Zhang X., Lu B. TIM-3 expression characterizes regulatory T cells in tumor tissues and is associated with lung cancer progression (англ.) // PLOS One : journal. — 2012. — Vol. 7, no. 2. — P. e30676. — doi:10.1371/journal.pone.0030676. — PMID 22363469. — PMC 3281852.
- ↑ Gleason M. K., Lenvik T. R., McCullar V., Felices M., O'Brien M. S., Cooley S. A., Verneris M. R., Cichocki F., Holman C. J., Panoskaltsis-Mortari A., Niki T., Hirashima M., Blazar B. R., Miller J. S. Tim-3 is an inducible human natural killer cell receptor that enhances interferon gamma production in response to galectin-9 (англ.) // Blood[англ.] : journal. — American Society of Hematology[англ.], 2012. — March (vol. 119, no. 13). — P. 3064—3072. — doi:10.1182/blood-2011-06-360321. — PMID 22323453. — PMC 3321868.
- ↑ Blackburn S. D., Shin H., Haining W. N., Zou T., Workman C. J., Polley A., Betts M. R., Freeman G. J., Vignali D. A., Wherry E. J. Coregulation of CD8+ T cell exhaustion by multiple inhibitory receptors during chronic viral infection (англ.) // Nature Immunology : journal. — 2009. — January (vol. 10, no. 1). — P. 29—37. — doi:10.1038/ni.1679. — PMID 19043418. — PMC 2605166.
- ↑ Wada J., Kanwar Y. S. Identification and characterization of galectin-9, a novel beta-galactoside-binding mammalian lectin (англ.) // The Journal of Biological Chemistry : journal. — 1997. — February (vol. 272, no. 9). — P. 6078—6086. — doi:10.1074/jbc.272.9.6078. — PMID 9038233.
- ↑ Zhu C., Anderson A. C., Schubart A., Xiong H., Imitola J., Khoury S. J., Zheng X. X., Strom T. B., Kuchroo V. K. The Tim-3 ligand galectin-9 negatively regulates T helper type 1 immunity (англ.) // Nature Immunology : journal. — 2005. — December (vol. 6, no. 12). — P. 1245—1252. — doi:10.1038/ni1271. — PMID 16286920.
- ↑ DeKruyff R. H., Bu X., Ballesteros A., Santiago C., Chim Y. L., Lee H. H., Karisola P., Pichavant M., Kaplan G. G., Umetsu D. T., Freeman G. J., Casasnovas J. M. T cell/transmembrane, Ig, and mucin-3 allelic variants differentially recognize phosphatidylserine and mediate phagocytosis of apoptotic cells (англ.) // Journal of Immunology[англ.] : journal. — 2010. — February (vol. 184, no. 4). — P. 1918—1930. — doi:10.4049/jimmunol.0903059. — PMID 20083673. — PMC 3128800.
- ↑ Chiba S., Baghdadi M., Akiba H., Yoshiyama H., Kinoshita I., Dosaka-Akita H., Fujioka Y., Ohba Y., Gorman J. V., Colgan J. D., Hirashima M., Uede T., Takaoka A., Yagita H., Jinushi M. Tumor-infiltrating DCs suppress nucleic acid-mediated innate immune responses through interactions between the receptor TIM-3 and the alarmin HMGB1 (англ.) // Nature Immunology : journal. — 2012. — September (vol. 13, no. 9). — P. 832—842. — doi:10.1038/ni.2376. — PMID 22842346. — PMC 3622453.
- ↑ Huang Y. H., Zhu C., Kondo Y., Anderson A. C., Gandhi A., Russell A., Dougan S. K., Petersen B. S., Melum E., Pertel T., Clayton K. L., Raab M., Chen Q., Beauchemin N., Yazaki P. J., Pyzik M., Ostrowski M. A., Glickman J. N., Rudd C. E., Ploegh H. L., Franke A., Petsko G. A., Kuchroo V. K., Blumberg R. S. CEACAM1 regulates TIM-3-mediated tolerance and exhaustion (англ.) // Nature : journal. — 2015. — January (vol. 517, no. 7534). — P. 386—390. — doi:10.1038/nature13848. — PMID 25363763. — PMC 4297519.
- ↑ Cao E., Zang X., Ramagopal U. A., Mukhopadhaya A., Fedorov A., Fedorov E., Zencheck W. D., Lary J. W., Cole J. L., Deng H., Xiao H., Dilorenzo T. P., Allison J. P., Nathenson S. G., Almo S. C. T cell immunoglobulin mucin-3 crystal structure reveals a galectin-9-independent ligand-binding surface (англ.) // Immunity. — Cell Press, 2007. — March (vol. 26, no. 3). — P. 311—321. — doi:10.1016/j.immuni.2007.01.016. — PMID 17363302.
- ↑ Lee J., Su E. W., Zhu C., Hainline S., Phuah J., Moroco J. A., Smithgall T. E., Kuchroo V. K., Kane L. P. Phosphotyrosine-dependent coupling of Tim-3 to T-cell receptor signaling pathways (англ.) // Molecular and Cellular Biology : journal. — 2011. — October (vol. 31, no. 19). — P. 3963—3974. — doi:10.1128/MCB.05297-11. — PMID 21807895. — PMC 3187355.
- ↑ van de Weyer P. S., Muehlfeit M., Klose C., Bonventre J. V., Walz G., Kuehn E. W. A highly conserved tyrosine of Tim-3 is phosphorylated upon stimulation by its ligand galectin-9 (англ.) // Biochemical and Biophysical Research Communications[англ.] : journal. — 2006. — December (vol. 351, no. 2). — P. 571—576. — doi:10.1016/j.bbrc.2006.10.079. — PMID 17069754.
- ↑ Tomkowicz B., Walsh E., Cotty A., Verona R., Sabins N., Kaplan F., Santulli-Marotto S., Chin C. N., Mooney J., Lingham R. B., Naso M., McCabe T. TIM-3 Suppresses Anti-CD3/CD28-Induced TCR Activation and IL-2 Expression through the NFAT Signaling Pathway (англ.) // PLOS One : journal. — 2015. — Vol. 10, no. 10. — P. e0140694. — doi:10.1371/journal.pone.0140694. — PMID 26492563. — PMC 4619610.
![Перейти к шаблону «Кластеры дифференцировки»](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c9/Wikipedia_interwiki_section_gear_icon.svg/14px-Wikipedia_interwiki_section_gear_icon.svg.png) |
---|
1-50 | - CD1 (a-c, 1A, 1D, 1E)
- CD2
- CD3 (γ, δ, ε)
- CD4
- CD5
- CD6
- CD7
- CD8 (a)
- CD9
- CD10
- CD11 (a, b, c, d)
- CD13
- CD14
- CD15
- CD16 (A, B)
- CD18
- CD19
- CD20
- CD21
- CD22
- CD23
- CD24
- CD25
- CD26
- CD27
- CD28
- CD29
- CD30
- CD31
- CD32 (A, B)
- CD33
- CD34
- CD35
- CD36
- CD37
- CD38
- CD39
- CD40
- CD41
- CD42 (a, b, c, d)
- CD43
- CD44
- CD45
- CD46
- CD47
- CD48
- CD49 (a, b, c, d, e, f)
- CD50
|
---|
51-100 | - CD51
- CD52
- CD53
- CD54
- CD55
- CD56
- CD57
- CD58
- CD59
- CD61
- CD62 (E, L, P)
- CD63
- CD64 (A, B, C)
- CD66 (a, b, c, d, e, f)
- CD68
- CD69
- CD70
- CD71
- CD72
- CD73
- CD74
- CD78
- CD79 (a, b)
- CD80
- CD81
- CD82
- CD83
- CD84
- CD85 (a, d, e, h, j, k)
- CD86
- CD87
- CD88
- CD89
- CD90
- CD91
- CD92
- CD93
- CD94
- CD95
- CD96
- CD97
- CD98
- CD99
- CD100
|
---|
101-150 | |
---|
151-200 | - CD151
- CD152
- CD153
- CD154
- CD155
- CD156 (a, b, c)
- CD157
- CD158 (a, d, e, i, k)
- CD159 (a, c)
- CD160
- CD161
- CD162
- CD163
- CD164
- CD166
- CD167 (a, b)
- CD168
- CD169
- CD170
- CD171
- CD172 (a, b, g)
- CD174
- CD177
- CD178
- CD179 (a, b)
- CD181
- CD182
- CD183
- CD184
- CD185
- CD186
- CD191
- CD192
- CD193
- CD194
- CD195
- CD196
- CD197
- CDw198
- CDw199
- CD200
|
---|
201-250 | |
---|
251-300 | |
---|
301-350 | |
---|
351-400 | |
---|