日本DNA数据库

日本DNA数据库 (DDBJ)
内容
有機體所有物种
相關信息
研究中心国际核苷酸序列数据库协作英语International Nucleotide Sequence Database Collaboration
国立遗传学研究所
实验室Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan
发布日期1986年
访问入口
网站http://www.ddbj.nig.ac.jp
工具
其他

日本DNA数据库(日语:日本DNAデータバンク、英語:DNA Data Bank of Japan,缩写:DDBJ)是日本国立遗传学研究所静冈县三岛市)建造的DNA核酸序列的序列数据库[1][2]。它也是国际核苷酸序列数据库协作英语International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC)的成员。 它每天与欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)的欧洲分子生物学实验室,和美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GenBank交换数据。因此,这三大国际数据库在任何给定时间包含相同的数据。

DDBJ于1986年在国立遗传学研究所开始了数据库的运作,并且仍然是亚洲唯一的核苷酸序列数据库。尽管DDBJ主要是从日本研究者那里收到数据,但它可以接受来自任何其他国家的贡献者的数据。DDBJ主要是由日本文部科學省(MEXT)资助。DDBJ有一个国际咨询委员会,由9名成员组成,其中来自欧洲,美国和日本每个成员国家各自有3个成员。该委员会每年一次向DDBJ提供有关其维护,管理和未来计划的建议。除此之外,DDBJ还有一个国际合作委员会,就与国际合作相关的各种技术问题提供咨询,并由工作层面参与者所组成。

参阅

参考资料

  1. ^ Tateno Y, Imanishi T, Miyazaki S, Fukami-Kobayashi K, Saitou N, Sugawara H, et al. DNA Data Bank of Japan (DDBJ) for genome scale research in life science.. Nucleic Acids Res. 2002, 30 (1): 27–30. PMC 99140可免费查阅. PMID 11752245. doi:10.1093/nar/30.1.27. 
  2. ^ Kaminuma E, Kosuge T, Kodama Y, et al. DDBJ progress report. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D22–7. PMC 3013661可免费查阅. PMID 21062814. doi:10.1093/nar/gkq1041. 

外部链接

  • DDBJ官方网站 (页面存档备份,存于互联网档案馆
  • DDBJ entry in MetaBase.
数据库
  • 测序数据库:GenBankEuropean Nucleotide Archive英语European Nucleotide Archive、日本DNA数据库(DDBJ)
  • 辅助数据库:UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL蛋白质信息资源英语Protein Information Resource
  • 其它数据库:蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro英语InterPro
  • 专项基因组数据库:酵母基因组数据库英语Saccharomyces Genome DatabaseFlyBase英语FlyBaseVectorBase英语VectorBasePomBaseWormBase英语WormBasePHI-base英语PHI-base拟南芥信息资源英语The Arabidopsis Information Resource斑马鱼信息网英语Zebrafish Information Network
软件
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  • TopHat英语TopHat (bioinformatics)
其它
  • 服务器:ExPASy英语ExPASy
  • 本体论:基因本体
机构
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