TARBP2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2CPN, 3ADL, 3LLH, 4WYQ

Ідентифікатори

Символи

TARBP2, LOQS, TRBP, TRBP1, TRBP2, RISC loading complex RNA binding subunit, TARBP2 subunit of RISC loading complex

Зовнішні ІД

OMIM: 605053 MGI: 103027 HomoloGene: 7562 GeneCards: TARBP2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein N-terminus binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • siRNA binding • RNA binding • enzyme binding • pre-mRNA binding • double-stranded RNA binding • identical protein binding • protein homodimerization activity • pre-miRNA binding • miRNA binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • гіалоплазма • perinuclear region of cytoplasm • клітинне ядро • нуклеоплазма • ядерні тільця • RISC-loading complex • RISC
Біологічний процес	• regulation of viral transcription • negative regulation of protein kinase activity • multicellular organism growth • positive regulation of translation • single fertilization • negative regulation of defense response to virus by host • spermatid development • positive regulation of viral genome replication • regulation of translation • production of miRNAs involved in gene silencing by miRNA • GO:0061715 miRNA metabolic process • Сайленсинг генів • GO:0070919 production of siRNA involved in RNA interference • pre-miRNA processing • regulation of production of miRNAs involved in gene silencing by miRNA • skeletal muscle tissue regeneration • positive regulation of muscle cell differentiation • neural precursor cell proliferation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6895


21357

Ensembl


ENSG00000139546


ENSMUSG00000023051

UniProt


Q15633


P97473

RefSeq (мРНК)


NM_004178 NM_134323 NM_134324


NM_001253795 NM_009319

RefSeq (білок)


NP_004169 NP_599150 NP_599151


NP_001240724 NP_033345

Локус (UCSC)

Хр. 12: 53.5 – 53.51 Mb

Хр. 15: 102.43 – 102.43 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TARBP2 (англ. TARBP2, RISC loading complex RNA binding subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 366 амінокислот, а молекулярна маса — 39 039^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSEEEQGSGT	TTGCGLPSIE	QMLAANPGKT	PISLLQEYGT	RIGKTPVYDL
LKAEGQAHQP	NFTFRVTVGD	TSCTGQGPSK	KAAKHKAAEV	ALKHLKGGSM
LEPALEDSSS	FSPLDSSLPE	DIPVFTAAAA	ATPVPSVVLT	RSPPMELQPP
VSPQQSECNP	VGALQELVVQ	KGWRLPEYTV	TQESGPAHRK	EFTMTCRVER
FIEIGSGTSK	KLAKRNAAAK	MLLRVHTVPL	DARDGNEVEP	DDDHFSIGVG
SRLDGLRNRG	PGCTWDSLRN	SVGEKILSLR	SCSLGSLGAL	GPACCRVLSE
LSEEQAFHVS	YLDIEELSLS	GLCQCLVELS	TQPATVCHGS	ATTREAARGE
AARRALQYLK	IMAGSK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція трансляції, РНК-залежне заглушення генів. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Gatignol A., Buckler-White A.J., Berkhout B., Jeang K.T. (1991). Characterization of a human TAR RNA-binding protein that activates the HIV-1 LTR. Science. 251: 1597—1600. PMID 2011739 DOI:10.1126/science.2011739
Kozak C.A., Gatignol A., Graham K., Jeang K.T., McBride O.W. (1995). Genetic mapping in human and mouse of the locus encoding TRBP, a protein that binds the TAR region of the human immunodeficiency virus (HIV-1). Genomics. 25: 66—72. PMID 7774957 DOI:10.1016/0888-7543(95)80110-8
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Gatignol A., Buckler C., Jeang K.T. (1993). Relatedness of an RNA-binding motif in human immunodeficiency virus type 1 TAR RNA-binding protein TRBP to human P1/dsI kinase and Drosophila staufen. Mol. Cell. Biol. 13: 2193—2202. PMID 8455607 DOI:10.1128/MCB.13.4.2193
Gregory R.I., Chendrimada T.P., Cooch N., Shiekhattar R. (2005). Human RISC couples microRNA biogenesis and posttranscriptional gene silencing. Cell. 123: 631—640. PMID 16271387 DOI:10.1016/j.cell.2005.10.022
Maniataki E., Mourelatos Z. (2005). A human, ATP-independent, RISC assembly machine fueled by pre-miRNA. Genes Dev. 19: 2979—2990. PMID 16357216 DOI:10.1101/gad.1384005

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11569 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q15633 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.