KDM2B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4O64

Ідентифікатори

Символи

KDM2B, CXXC2, FBXL10, Fbl10, JHDM1B, PCCX2, lysine demethylase 2B

Зовнішні ІД

OMIM: 609078 MGI: 1354737 HomoloGene: 13069 GeneCards: KDM2B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • rRNA binding • zinc ion binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity • RNA binding • oxidoreductase activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • ядерце • PcG protein complex • клітинне ядро • хромосома
Біологічний процес	• GO:1904089 negative regulation of neuron apoptotic process • midbrain-hindbrain boundary morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • lateral ventricle development • histone H2A monoubiquitination • negative regulation of neural precursor cell proliferation • hindbrain development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • third ventricle development • positive regulation of cell growth • embryonic camera-type eye morphogenesis • histone H3-K36 demethylation • Сперматогенез • forebrain development • positive regulation of stem cell population maintenance • initiation of neural tube closure • midbrain development • fourth ventricle development • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


84678


30841

Ensembl


ENSG00000089094


ENSMUSG00000029475

UniProt


Q8NHM5


Q6P1G2

RefSeq (мРНК)


NM_001005366 NM_032590

NM_001003953 NM_001005866 NM_013910 NM_001378863 NM_001378864
NM_001378865

RefSeq (білок)


NP_001005366 NP_115979


NP_001003953 NP_038938 NP_001365792 NP_001365793 NP_001365794

Локус (UCSC)

Хр. 12: 121.43 – 121.58 Mb

Хр. 5: 123.01 – 123.13 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM2B (англ. Lysine demethylase 2B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 336 амінокислот, а молекулярна маса — 152 615^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAGPQMGGSA	EDHPPRKRHA	AEKQKKKTVI	YTKCFEFESA	TQRPIDRQRY
DENEDLSDVE	EIVSVRGFSL	EEKLRSQLYQ	GDFVHAMEGK	DFNYEYVQRE
ALRVPLIFRE	KDGLGIKMPD	PDFTVRDVKL	LVGSRRLVDV	MDVNTQKGTE
MSMSQFVRYY	ETPEAQRDKL	YNVISLEFSH	TKLEHLVKRP	TVVDLVDWVD
NMWPQHLKEK	QTEATNAIAE	MKYPKVKKYC	LMSVKGCFTD	FHIDFGGTSV
WYHVFRGGKI	FWLIPPTLHN	LALYEEWVLS	GKQSDIFLGD	RVERCQRIEL
KQGYTFFIPS	GWIHAVYTPV	DSLVFGGNIL	HSFNVPMQLR	IYEIEDRTRV
QPKFRYPFYY	EMCWYVLERY	VYCVTQRSHL	TQEYQRESML	IDAPRKPSID
GFSSDSWLEM	EEEACDQQPQ	EEEEKDEEGE	GRDRAPKPPT	DGSTSPTSTP
SEDQEALGKK	PKAPALRFLK	RTLSNESEES	VKSTTLAVDY	PKTPTGSPAT
EVSAKWTHLT	EFELKGLKAL	VEKLESLPEN	KKCVPEGIED	PQALLEGVKN
VLKEHADDDP	SLAITGVPVV	TWPKKTPKNR	AVGRPKGKLG	PASAVKLAAN
RTTAGARRRR	TRCRKCEACL	RTECGECHFC	KDMKKFGGPG	RMKQSCIMRQ
CIAPVLPHTA	VCLVCGEAGK	EDTVEEEEGK	FNLMLMECSI	CNEIIHPGCL
KIKESEGVVN	DELPNCWECP	KCNHAGKTGK	QKRGPGFKYA	SNLPGSLLKE
QKMNRDNKEG	QEPAKRRSEC	EEAPRRRSDE	HSKKVPPDGL	LRRKSDDVHL
RKKRKYEKPQ	ELSGRKRASS	LQTSPGSSSH	LSPRPPLGSS	LSPWWRSSLT
YFQQQLKPGK	EDKLFRKKRR	SWKNAEDRMA	LANKPLRRFK	QEPEDELPEA
PPKTRESDHS	RSSSPTAGPS	TEGAEGPEEK	KKVKMRRKRR	LPNKELSREL
SKELNHEIQR	TENSLANENQ	QPIKSEPESE	GEEPKRPPGI	CERPHRFSKG
LNGTPRELRH	QLGPSLRSPP	RVISRPPPSV	SPPKCIQMER	HVIRPPPISP
PPDSLPLDDG	AAHVMHREVW	MAVFSYLSHQ	DLCVCMRVCR	TWNRWCCDKR
LWTRIDLNHC	KSITPLMLSG	IIRRQPVSLD	LSWTNISKKQ	LSWLINRLPG
LRDLVLSGCS	WIAVSALCSS	SCPLLRTLDV	QWVEGLKDAQ	MRDLLSPPTD
NRPGQMDNRS	KLRNIVELRL	AGLDITDASL	RLIIRHMPLL	SKLHLSYCNH
VTDQSINLLT	AVGTTTRDSL	TEINLSDCNK	VTDQCLSFFK	RCGNICHIDL
RYCKQVTKEG	CEQFIAEMSV	SVQFGQVEEK	LLQKLS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза, РНК, рРНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Frescas D., Guardavaccaro D., Bassermann F., Koyama-Nasu R., Pagano M. (2007). JHDM1B/FBXL10 is a nucleolar protein that represses transcription of ribosomal RNA genes. Nature. 450: 309—313. PMID 17994099 DOI:10.1038/nature06255
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13610 (англ.) . Архів оригіналу за 7 лютого 2016. Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q8NHM5 (англ.) . Архів оригіналу за 25 жовтня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.