DDB2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3EI4, 3I7L, 4E54, 4E5Z

Ідентифікатори

Символи

DDB2, DDBB, UV-XPE, damage specific DNA binding protein 2

Зовнішні ІД

OMIM: 600811 MGI: 1355314 HomoloGene: 83 GeneCards: DDB2

Пов'язані генетичні захворювання

xeroderma pigmentosum group E^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • damaged DNA binding • GO:0032403 protein-containing complex binding
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • міжклітинні контакти • Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex • клітинне ядро • Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• nucleotide-excision repair • pyrimidine dimer repair • nucleotide-excision repair, DNA damage recognition • histone H2A monoubiquitination • protein polyubiquitination • cellular response to DNA damage stimulus • global genome nucleotide-excision repair • Убіквітин-залежний протеоліз • nucleotide-excision repair, DNA incision • UV-damage excision repair • response to UV • GO:0100026 Репарація ДНК • protein autoubiquitination • nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion • nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization • nucleotide-excision repair, preincision complex assembly • protein deubiquitination • посттрансляційна модифікація • response to UV-B • nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding • nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


1643


107986

Ensembl


ENSG00000134574


ENSMUSG00000002109

UniProt


Q92466


Q99J79

RefSeq (мРНК)


NM_000107 NM_001300734


NM_028119 NM_001362705

RefSeq (білок)


NP_000098 NP_001287663


NP_082395 NP_001349634

Локус (UCSC)

Хр. 11: 47.21 – 47.24 Mb

Хр. 2: 91.04 – 91.07 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

DDB2 (англ. Damage specific DNA binding protein 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 427 амінокислот, а молекулярна маса — 47 864^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAPKKRPETQ	KTSEIVLRPR	NKRSRSPLEL	EPEAKKLCAK	GSGPSRRCDS
DCLWVGLAGP	QILPPCRSIV	RTLHQHKLGR	ASWPSVQQGL	QQSFLHTLDS
YRILQKAAPF	DRRATSLAWH	PTHPSTVAVG	SKGGDIMLWN	FGIKDKPTFI
KGIGAGGSIT	GLKFNPLNTN	QFYASSMEGT	TRLQDFKGNI	LRVFASSDTI
NIWFCSLDVS	ASSRMVVTGD	NVGNVILLNM	DGKELWNLRM	HKKKVTHVAL
NPCCDWFLAT	ASVDQTVKIW	DLRQVRGKAS	FLYSLPHRHP	VNAACFSPDG
ARLLTTDQKS	EIRVYSASQW	DCPLGLIPHP	HRHFQHLTPI	KAAWHPRYNL
IVVGRYPDPN	FKSCTPYELR	TIDVFDGNSG	KMMCQLYDPE	SSGISSLNEF
NPMGDTLASA	MGYHILIWSQ	EEARTRK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Hwang B.J., Toering S., Francke U., Chu G. (1998). p48 Activates a UV-damaged-DNA binding factor and is defective in xeroderma pigmentosum group E cells that lack binding activity. Mol. Cell. Biol. 18: 4391—4399. PMID 9632823 DOI:10.1128/MCB.18.7.4391
Hwang B.J., Ford J.M., Hanawalt P.C., Chu G. (1999). Expression of the p48 xeroderma pigmentosum gene is p53-dependent and is involved in global genomic repair. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 424—428. PMID 9892649 DOI:10.1073/pnas.96.2.424
Tang J.Y., Hwang B.J., Ford J.M., Hanawalt P.C., Chu G. (2000). Xeroderma pigmentosum p48 gene enhances global genomic repair and suppresses UV-induced mutagenesis. Mol. Cell. 5: 737—744. PMID 10882109 DOI:10.1016/S1097-2765(00)80252-X
Chen X., Zhang Y., Douglas L., Zhou P. (2001). UV-damaged DNA-binding proteins are targets of CUL-4A-mediated ubiquitination and degradation. J. Biol. Chem. 276: 48175—48182. PMID 11673459 DOI:10.1074/jbc.M106808200
Fitch M.E., Nakajima S., Yasui A., Ford J.M. (2003). In vivo recruitment of XPC to UV-induced cyclobutane pyrimidine dimers by the DDB2 gene product. J. Biol. Chem. 278: 46906—46910. PMID 12944386 DOI:10.1074/jbc.M307254200

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з DDB2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2718 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q92466 (англ.) . Архів оригіналу за 5 жовтня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.