CALCOCO2

Наявні структури

Пошук для людей: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3VVV, 3VVW, 4GXL, 4HAN, 2MXP, 4XKL

Ідентифікатори

Символи

CALCOCO2, NDP52, calcium binding and coiled-coil domain 2

Зовнішні ІД

OMIM: 604587 HomoloGene: 31339 GeneCards: CALCOCO2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein homodimerization activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • perinuclear region of cytoplasm • autophagosome • autophagosome membrane • цитоскелет • мембрана • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • клітинне ядро • внутрішньоклітинна мембранна органела • гіалоплазма
Біологічний процес	• автофагія • GO:0022415 viral process • positive regulation of autophagosome maturation • response to interferon-gamma • xenophagy
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10241


303479

Ensembl


ENSG00000136436


н/д

UniProt


Q13137


н/д

RefSeq (мРНК)


NM_001261390 NM_001261391 NM_001261393 NM_001261395 NM_005831


XM_008768252 XM_008775811

RefSeq (білок)


NP_001248319 NP_001248320 NP_001248322 NP_001248324 NP_005822


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 17: 48.83 – 48.87 Mb

н/д

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

CALCOCO2 (англ. Calcium binding and coiled-coil domain 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 446 амінокислот, а молекулярна маса — 52 254^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEETIKDPPT	SAVLLDHCHF	SQVIFNSVEK	FYIPGGDVTC	HYTFTQHFIP
RRKDWIGIFR	VGWKTTREYY	TFMWVTLPID	LNNKSAKQQE	VQFKAYYLPK
DDEYYQFCYV	DEDGVVRGAS	IPFQFRPENE	EDILVVTTQG	EVEEIEQHNK
ELCKENQELK	DSCISLQKQN	SDMQAELQKK	QEELETLQSI	NKKLELKVKE
QKDYWETELL	QLKEQNQKMS	SENEKMGIRV	DQLQAQLSTQ	EKEMEKLVQG
DQDKTEQLEQ	LKKENDHLFL	SLTEQRKDQK	KLEQTVEQMK	QNETTAMKKQ
QELMDENFDL	SKRLSENEII	CNALQRQKER	LEGENDLLKR	ENSRLLSYMG
LDFNSLPYQV	PTSDEGGARQ	NPGLAYGNPY	SGIQESSSPS	PLSIKKCPIC
KADDICDHTL	EQQQMQPLCF	NCPICDKIFP	ATEKQIFEDH	VFCHSL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як автофагія, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, цитоплазматичних везикулах.

Література

Korioth F., Gieffers C., Maul G.G., Frey J. (1995). Molecular characterization of NDP52, a novel protein of the nuclear domain 10, which is redistributed upon virus infection and interferon treatment. J. Cell Biol. 130: 1—13. PMID 7540613 DOI:10.1083/jcb.130.1.1
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Sternsdorf T., Jensen K., Zuchner D., Will H. (1997). Cellular localization, expression, and structure of the nuclear dot protein 52. J. Cell Biol. 138: 435—448. PMID 9230084 DOI:10.1083/jcb.138.2.435
Thurston T.L., Wandel M.P., von Muhlinen N., Foeglein A., Randow F. (2012). Galectin 8 targets damaged vesicles for autophagy to defend cells against bacterial invasion. Nature. 482: 414—418. PMID 22246324 DOI:10.1038/nature10744
Kim B.W., Hong S.B., Kim J.H., Kwon do H., Song H.K. (2013). Structural basis for recognition of autophagic receptor NDP52 by the sugar receptor galectin-8. Nat. Commun. 4: 1613—1613. PMID 23511477 DOI:10.1038/ncomms2606

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:29912 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q13137 (англ.) . Архів оригіналу за 11 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.