Ramačandranov dijagram
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/85/Ramachandran_plot_original_outlines.jpg/220px-Ramachandran_plot_original_outlines.jpg)
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c0/Protein_backbone_PhiPsiOmega_drawing.jpg/140px-Protein_backbone_PhiPsiOmega_drawing.jpg)
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/43/1axc_PCNA_ProCheck_Rama.jpg/200px-1axc_PCNA_ProCheck_Rama.jpg)
Ramačandranov dijagram (Ramačandranov grafikon, [φ,ψ] grafikon), koji su originalno (1963) razvili G. N. Ramačandran, C. Ramakrišnan, and V. Sasisekharan,[1] je način vizuelizacije diedralnih uglova ψ naspram φ aminokiselinskih ostataka proteinske strukture. Slika levo ilustruje definiciju φ i ψ diedralnih uglova osnove lanca[2] (φ i φ' po Ramačandranu). Ugao ω peptidne veze je normano 180°, pošto parcijalni karakter dvostruke veze drži peptid u ravni.[3] Slika gore desno prikazuje dozvoljene φ,ψ konformacione regione osnove lanca po Ramačandranu et al. iz 1963. i 1968, koristeći proračune trvdih sfera: pun radijus je prikazan punim linijama, redukovani radijus isprekidanim, i relaksirani tau (N-Calfa-C) ugao tačkastim linijama.[4] Pošto su vrednosti diedralnih uglova cirkularne i 0° je isto što i 360°, ivice Ramačandranovog dijagrama se „obmotavaju“, leva strana sa desnom, i dno sa vrhom. Na primer, mala traka dozvoljenih vrednosti duž donjeg levog ugla grafikona je nastavak velikog regiona gore levo.
Reference
- ^ Ramachandran, G.N.; Ramakrishnan, C.; Sasisekharan, V. (1963). „Stereochemistry of polypeptide chain configurations”. Journal of Molecular Biology. 7: 95—9. PMID 13990617. doi:10.1016/S0022-2836(63)80023-6.
- ^ Richardson, J.S. (1981). „Anatomy and Taxonomy of Protein Structures”. Advances in Protein Chemistry. 34: 167—339. PMID 7020376. doi:10.1016/S0065-3233(08)60520-3.
- ^ Pauling, L.; Corey, H.R.; Branson (1951). „The Structure of Proteins: Two Hydrogen-Bonded Helical Configurations of the Polypeptide Chain”. Proceedings National Academy of Sciences USA. 37 (4): 205—211. PMC 1063337
. PMID 14816373. doi:10.1073/pnas.37.4.205.
- ^ Ramachandran, G.N.; Sasiskharan, V. (1968). „Conformation of polypeptides and proteins”. Advances in Protein Chemistry. 23: 283—437.
Literatura
- Richardson, J.S. (1981). „Anatomy and Taxonomy of Protein Structures”. Advances in Protein Chemistry. 34: 167—339. PMID 7020376. doi:10.1016/S0065-3233(08)60520-3. , available on-line at Anatax[мртва веза]
- Branden, C.-I.; Tooze, J. (1991), Introduction to Protein Structure, Garland Publishing, NY, ISBN 0-8153-0344-0
Spoljašnje veze
- DynoPlot in PyMOL wiki
- Link to Ramachandran Plot Map of alpha-helix and beta-sheet locations Архивирано на сајту Wayback Machine (11. октобар 2006)
- Link to Ramachandran plot calculated from protein structures determined by X-ray crystallography compared to the original Ramachan.
- Proteopedia Ramachandran Plot