40S рибосомный белок S28

40S рибосомный белок S28
Доступные структуры
PDBПоиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB

4UG0, 4V6X, 5A2Q, 5AJ0, 3J7P, 4KZX, 4UJE, 4KZY, 4D5L, 4KZZ, 3J7R, 4UJD, 5FLX, 4D61, 4UJC

Идентификаторы
ПсевдонимыRPS28, S28, DBA15, ribosomal protein S28, eS28
Внешние IDOMIM: 603685 MGI: 1859516 HomoloGene: 68150 GeneCards: RPS28
Расположение гена (человек)
19-я хромосома человека
Хр.19-я хромосома человека[1]
19-я хромосома человека
Расположение в геноме RPS28
Расположение в геноме RPS28
Локус19p13.2Начало8,321,158 bp[1]
Конец8,323,340 bp[1]
Расположение гена (Мышь)
17-я хромосома мыши
Хр.17-я хромосома мыши[2]
17-я хромосома мыши
Расположение в геноме RPS28
Расположение в геноме RPS28
Локус17|17 B1Начало34,038,001 bp[2]
Конец34,043,536 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК
Bgee
ЧеловекМышь (ортолог)
Наибольшая экспрессия в
  • mucosa of transverse colon

  • stromal cell of endometrium

  • skin of abdomen

  • olfactory zone of nasal mucosa

  • right uterine tube

  • body of pancreas
Наибольшая экспрессия в
  • ventricular zone

  • dentate gyrus of hippocampal formation granule cell
Дополнительные справочные данные
BioGPS
н/д
Генная онтология
Молекулярная функция
  • structural constituent of ribosome
  • связывание с белками плазмы
  • RNA binding
Компонент клетки
  • цитозоль
  • рибосома
  • внутренний компонент клетки
  • small ribosomal subunit
  • экзосома
  • нуклеоплазма
  • cytosolic small ribosomal subunit
  • цитоплазма
  • эндоплазматический ретикулум
  • шероховатый эндоплазматический ретикулум
  • polysomal ribosome
  • cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane
Биологический процесс
  • ribosome biogenesis
  • viral transcription
  • SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane
  • translational initiation
  • нонсенс-опосредованный распад
  • ribosomal small subunit biogenesis
  • ribosomal small subunit assembly
  • maturation of SSU-rRNA
  • Биосинтез белка
  • rRNA processing
  • cytoplasmic translation
Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez

6234

54127

Ensembl

ENSG00000233927

ENSMUSG00000067288

UniProt

P62857

P62858

RefSeq (мРНК)

NM_001031

NM_016844
NM_001355384

RefSeq (белок)

NP_001022

NP_058540
NP_001342313

Локус (UCSC)Chr 19: 8.32 – 8.32 MbChr 17: 34.04 – 34.04 Mb
Поиск по PubMedИскать[3]Искать[4]
Логотип Викиданных Информация в Викиданных
Смотреть (человек)Смотреть (мышь)

40S рибосомальный белок S28 (англ. 40S ribosomal protein S28; RPS28)) — рибосомальный белок, продукт гена человека RPS28[5][6][7].

Функции

Рибосомы, органеллы, катализирующие белковый синтез, состоят у эукариот из малой 40S субъединицы и большой 60S субъединицы, названных так по их коэффициентам седиментации. В сумме две субъединицы включают 4 вида РНК и около 80 структурных белков. Белок RPS28 является компонентом малой 40S субъединицы. Белок локализуется в цитоплазме клетки и принадлежит к семейству рибосомальных белков S28E. Существуют многочисленные псевдогены гена RPS28, распределённые в геноме, что характерно для генов рибосомальных белков[7].

Структура

RPS28 состоит из 69 аминокислот, молекулярная масса 6,8 кДа. В малой 40S субъединице рибосомы взаимодействует с 5 отдельными белками.

Патология

Мутации белка RPS28 могут приводить к анемии Даймонда-Блекфена 15-го типа, наследственному заболеванию системы крови, при котором нарушается формирование эритроцитов. как правило, проявляется в раннем детстве. Характеризуется от умеренной до сильной макроцитарной анемией, эритробластопенией и повышенным риском развития новообразований. В 30-40% случаев анемия Даймонда-Блекфена приводит также к низкому росту, наследственным физическим деформациям, в первую очередь недоразвитие верхней челюсти, синдром Робена, аномалии развития большого пальца и мочеполовой системы.

См. также

Литература

  • Wool I. G., Chan Y. L., Glück A. Structure and evolution of mammalian ribosomal proteins. (англ.) // Biochem. Cell Biol.[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 73, no. 11—12. — P. 933—947. — doi:10.1139/o95-101. — PMID 8722009.
  • Vladimirov S. N., Ivanov A. V., Karpova G. G., etal. Characterization of the human small-ribosomal-subunit proteins by N-terminal and internal sequencing, and mass spectrometry (англ.) // Eur. J. Biochem.[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 239, no. 1. — P. 144—149. — doi:10.1111/j.1432-1033.1996.0144u.x. — PMID 8706699.
  • Yoshihama M., Uechi T., Asakawa S., etal. The human ribosomal protein genes: sequencing and comparative analysis of 73 genes (англ.) // Genome Res. : journal. — 2002. — Vol. 12, no. 3. — P. 379—390. — doi:10.1101/gr.214202. — PMID 11875025. — PMC 155282.
  • Strausberg R. L., Feingold E. A., Grouse L. H., etal. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
  • Gerhard D. S., Wagner L., Feingold E. A., etal. The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
  • Yu Y., Ji H., Doudna J. A., Leary J. A. Mass spectrometric analysis of the human 40S ribosomal subunit: native and HCV IRES-bound complexes (англ.) // Protein Sci.[англ.] : journal. — 2005. — Vol. 14, no. 6. — P. 1438—1446. — doi:10.1110/ps.041293005. — PMID 15883184. — PMC 2253395.
  • Stelzl U., Worm U., Lalowski M., etal. A human protein–protein interaction network: a resource for annotating the proteome (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2005. — Vol. 122, no. 6. — P. 957—968. — doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. — PMID 16169070.
  • Rual J. F., Venkatesan K., Hao T., etal. Towards a proteome-scale map of the human protein–protein interaction network (англ.) // Nature : journal. — 2005. — Vol. 437, no. 7062. — P. 1173—1178. — doi:10.1038/nature04209. — PMID 16189514.
  • Kimura K., Wakamatsu A., Suzuki Y., etal. Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes (англ.) // Genome Res. : journal. — 2006. — Vol. 16, no. 1. — P. 55—65. — doi:10.1101/gr.4039406. — PMID 16344560. — PMC 1356129.
  • Ewing R. M., Chu P., Elisma F., etal. Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry (англ.) // Mol. Syst. Biol.[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 3, no. 1. — P. 89. — doi:10.1038/msb4100134. — PMID 17353931. — PMC 1847948.

Примечания

  1. ↑ 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000233927 - Ensembl, May 2017
  2. ↑ 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000067288 - Ensembl, May 2017
  3. ↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed:  (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed:  (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ↑ Hori N., Murakawa K., Matoba R., Fukushima A., Okubo K., Matsubara K. A cDNA sequence of human ribosomal protein, homologue of yeast S28 (англ.) // Nucleic Acids Res : journal. — 1993. — November (vol. 21, no. 18). — P. 4394. — doi:10.1093/nar/21.18.4394. — PMID 8415000. — PMC 310080.
  6. ↑ Kenmochi N., Kawaguchi T., Rozen S., Davis E., Goodman N., Hudson T. J., Tanaka T., Page D. C. A map of 75 human ribosomal protein genes (англ.) // Genome Res : journal. — 1998. — August (vol. 8, no. 5). — P. 509—523. — doi:10.1101/gr.8.5.509. — PMID 9582194.
  7. ↑ 1 2 Entrez Gene: RPS28 ribosomal protein S28  (неопр.).