Universitas Negeri[ 1] [ 2] Universitas Tartu adalah universitas tertua dan paling bergengsi di negara ini. Universitas Tallinn (Tallinna Ülikool) Universitas Teknologi Tallinn (Tallinna Tehnikaülikool) Universitas Tartu (Tartu Ülikool)
Universitas khusus negeri Akademi Seni Estonia (Eesti Kunstiakadeemia) , Tallinn Akademi Musik dan Teater Estonia (Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia) , Tallinn Akademi Ilmu Keamanan Estonia (Sisekaitseakadeemia) , Tallinn Akademi Penerbangan Estonia (Eesti Lennuakadeemia) , Tartu-Reola Akademi Maritim Estonia (Eesti Mereakadeemia) , Tallinn Sekolah Tinggi Pertahanan Nasional Estonia (KVÜÕA Kõrgem Sõjakool) , Tartu Akademi Layanan Publik Estonia, Tallinn Universitas Ilmu Kehidupan Estonia (Eesti Maaülikool) , Tartu Universitas Ilmu Terapan Tallinn (Tallinna Tehnikakõrgkool) , Tallinn Sekolah Seni Tartu (Tartu Kõrgem Kunstikool) , Tartu
Perguruan Tinggi Swasta Estonian Business School (EBS), Tallinn
Lembaga multinasional Sekolah Tinggi Pertahanan Baltik (Balti Kaitsekolledž) , Tartu
Institusi swasta Sekolah Diplomasi Estonia (Eesti Diplomatide Kool) , Tallinn Euroacademy (Euroakadeemia) , Tallinn Institut Teologi (Usuteaduse Instituut) , Tallinn Universitas Kewirausahaan Estonia Ilmu Terapan (Eesti Ettevõtluskõrgkool Mainor) , Tartu Akademi Teologi Tartu (Tartu Teoloogia Akadeemia) , Tartu Institut Seni Liberal, Rakvere
Referensi ^ "Estonia | Ranking Web of Universities". www.webometrics.info . Diakses tanggal 2016-06-30 . ^ "Foreign Solutions: Top universities in Estonia". www.foreignsols.com . Diarsipkan dari versi asli tanggal 2016-07-27. Diakses tanggal 2016-06-30 . Parameter |url-status=
yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)