Daftar perguruan tinggi Islam swasta di Daerah Istimewa Yogyakarta

Terdapat 15 perguruan tinggi Islam swasta di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta di bawah Naungan Daop 6, yang terdiri dari 4 universitas dan 11 sekolah tinggi.^[1]

Universitas

Universitas Ahmad Dahlan (UAD), Yogyakarta [2]
Universitas Cokroaminoto Yogyakarta (UCY), Yogyakarta [3]
Universitas Islam Indonesia (UII), Sleman [4]
Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY), Bantul [5]

Sekolah Tinggi

Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Muhsin Yogyakarta (STAI Al-Muhsin), Bantul [6]^{[pranala nonaktif permanen]}
Sekolah Tinggi Agama Islam Alma Ata (STAI Alma Ata), Bantul [7]
Sekolah Tinggi Agama Islam Masjid Syuhada Yogyakarta (STAIMS Yogyakarta), Yogyakarta [8]
Sekolah Tinggi Agama Islam Sunan Pandanaran (STAISPA), Sleman [9]
Sekolah Tinggi Agama Islam Terpadu Yogyakarta (STAIT Yogyakarta), Yogyakarta [10]
Sekolah Tinggi Agama Islam Yogyakarta (STAIYO), Gunung Kidul [11]
Sekolah Tinggi Ekonomi Islam Hamfara (STEI Hamfara), Bantul [12]
Sekolah Tinggi Ekonomi Islam Yogyakarta (STEI Yogyakarta), Yogyakarta [13]
Sekolah Tinggi Ilmu Al-Qur'an An-Nur Yogyakarta (STIQ An-Nur), Bantul [14]
Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Wates (STITM), Kulon Progo [15]
Sekolah Tinggi Pendidikan Islam Bina Insan Mulia Yogyakarta (STPI BIM), Sleman [16]