Alphaproteobacteria

Alphaproteobacteria
Rendszertani besorolás
Domén: Baktériumok (Bacteria) Törzs: Pseudomonadota Osztály: Alphaproteobacteria Garrity et al. 2006
Szinonimák
Caulobacteria Cavalier-Smith 2020 Anoxyphotobacteria (Gibbons and Murray 1978) Murray 1988 Photobacteria Gibbons and Murray 1978 (Approved Lists 1980) Alphabacteria Cavalier-Smith 2002
Subclasses[1] et ordines[3]
Rickettsidae Ferla et al. 2013[1] Rickettsiales Gieszczykiewicz 1939 (Approved Lists 1980) Pelagibacterales Grote et al. 2012[2] Caulobacteridae Ferla et al. 2013[1] Caulobacterales Henrici and Johnson 1935 (Approved Lists 1980) Emcibacterales Iino et al. 2016 Holosporales Szokoli et al. 2020 Hyphomicrobiales Douglas 1957 (Approved Lists 1980) Iodidimonadales Iino et al. 2016 Kordiimonadales Kwon et al. 2005 Micropepsales Harbison et al. 2017 Parvularculales Garrity et al. 2003 Rhodobacterales Garrity et al. 2006 Rhodospirillales Pfennig and Trüper 1971 (Approved Lists 1980) Rhodothalassiales Venkata Ramana et al. 2014 Sneathiellales Kurahashi et al. 2008 Sphingomonadales Yabuuchi and Kosako 2006 incertae sedis (a szövegben)
Hivatkozások
A Wikifajok tartalmaz Alphaproteobacteria témájú rendszertani információt. A Wikimédia Commons tartalmaz Alphaproteobacteria témájú kategóriát.

Az Alphaproteobacteria a baktériumok Pseudomonadota (korábban Proteobacteria) törzsének osztálya.^[4] A Magnetococcales és a Mariprofundales bazális csoportok vagy az Alphaproteobacteria testvércsoportjai.^[5][6] Nagyon sokszínű, kevés közös jellemzővel, de közös őssel. A Pseudomonadota többi tagjához hasonlóan Gram-negatívak, de egyes endoparazita tagjaiban nincs peptidoglikán, így Gram-változó baktériumok.^[4][3]

Sokszínű taxon néhány fototróf, C1-vegyületeket bontó (például Methylobacterium), növényszimbionta (például Rhizobium spp.), ízeltlábú-endoszimbionta (például Wolbachia) és sejtbeli patogén (például Rickettsia) nemzetséggel. Az osztály tagja a protomitokondrium is, melyet az eukarióták közös őse bekebelezett, az eukarióta sejtszervecske mitokondriumok kialakulását lehetővé téve (endoszimbionta-elmélet).^[1][7][1] Technológiai szempontból fontos faj a Rhizobium radiobacter (korábban Agrobacterium tumefaciens): gyakran használják idegen DNS növényi genomokba való átvitelére.^[8] Az aerob anoxigén fototróf baktériumok, például a Pelagibacter ubique széles körben megtalálható α-proteobaktériumok, és a nyílt tengeri mikrobaközösség akár 10%-át is alkothatják.

A rendek, különösen a Pelagibacterales filogenetikai helyzete vitatott, de sok rend helyzetében megegyezés van. Ennek oka a nagy géntartalom-különbség (például a P. ubique genom-áramvonalasítása) és sok rend nagy GC-tartalom-eltérése.^[1] A Pelagibacterales, a Rickettsiales és a Holosporales tartalmaznak AT-gazdag fajokat. Ennek oka feltehetően konvergens evolúció, így a csoportosítás lehet hibás.^[9][10][11] Egyes tanulmányok ezt vitatják.^{[1][12][13][14]}

Ezenkívül a riboszomális RNS GC-tartalma kevéssé függ a genométól. Egy példa erre a Holosporales Pelagibacterialesnél és Rickettsialesnél sokkal magasabb riboszomális GC-tartalma, bár magas genom-GC-tartalmú fajokkal közelebbi rokonságuk, mint az utóbbi két renddel.^[1]

Az Alphaproteobacteria 3 alosztálya a Magnetococcidae, a Rickettsidae és a Caulobacteridae.^[1] A sok magnetotaktikus baktériumot, de csak 1 leírt fajt, a Magnetococcus marinust tartalmazó Magnetococcidae bazális.^[15] A Rickettsidae tagjai az endoparazita Rickettsiales és a szabadon élő Pelagibacteriales, a Caulobacteridaeéi a Holosporales, a Rhodospirillales, a Sphingomonadales, a Rhodobacterales, a Caulobacterales, a Kiloniellales, a Kordiimonadales, a Parvularculales és a Sneathiellales.

Szekvenált genomok összehasonlító elemzése alapján sok állandósult indel (inzertáció-deléció) ismert az Alphaproteobacteriára vagy annak fő rendjeire (Rhizobiales, Rhodobacterales, Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales, Caulobacterales) és családjaira (Rickettsiaceae, Anaplasmataceae, Rhodospirillaceae, Acetobacteraceae, Bradyrhiozobiaceae, Brucellaceae, Bartonellaceae) utaló széles körben jelenlévő és ujjlenyomat-fehérjékben.

Ezek új lehetőségeket adnak e taxonok leírására és új fajok azonosítására vagy csoportokba helyezésére.^[16] Filogenetikai elemzések és sok más fehérje állandósult indelei alapján az Alphaproteobacteria később alakult ki a legtöbb más baktériumtörzsnél és -osztálynál a Betaproteobacteria és a Gammaproteobacteria kivételével.^[17][18]

Az Alphaproteobacteria-filogenetika folyamatosan frissül.^[19][20] Vitatott a Magnetococcidae Alphaproteobacteria-tagsága is: egyesek önálló osztályt (Etaproteobacteria) javasolnak a Magnetococcidae osztálynak.^[21][22] Egy 2018-as filogenomikai tanulmány a protomitokondriális kládot a Magnetococcidae és a többi α-proteobaktérium-taxon közé helyezi,^[5] eszerint a protomitokondriumok korán elkülönültek a többi α-proteobaktériumtól a Magnetococcidae kivételével. Ez alapján a protomitokondrium-ág nem feltétlenül volt a Rickettsidae közeli rokona.

Az alábbi taxonokat az Alphaproteobacteriába sorolták, de egy vagy több köztes taxonómiai rangba nem:^[23]

• Alosztályhoz nem sorolt rendek
  • Minwuiales Sun et al. 2018
• Családba nem sorolt nemzetségek
  • Candidatus Anoxipelagibacter Ruiz-Perez et al. 2021
  • Bilophococcus Moench 1988
  • Charonomicrobium Csotonyi et al. 2011
  • Candidatus Endolissoclinum Kwan et al. 2012
  • Candidatus Endowatersipora Anderson and Haygood 2007
  • Candidatus Halyseomicrobium Levantesi et al. 2004
  • Candidatus Halyseosphaera Kragelund et al. 2006
  • Candidatus Hodgkinia McCutcheon et al. 2009
  • Candidatus Lariskella Matsuura et al. 2012
  • Marinosulfonomonas Holmes et al. 1997
  • Candidatus Mesopelagibacter Ruiz-Perez et al. 2021
  • Methylosulfonomonas Holmes et al. 1997
  • Candidatus Monilibacter Kragelund et al. 2006
  • Nanobacterium Ciftcioglu et al. 1997
  • Oleomonas Kanamori et al. 2002
  • Candidatus Paraholospora Eschbach et al. 2009
  • Candidatus Phycosocius Tanabe et al. 2015
  • Candidatus Puniceispirillum Oh et al. 2010
  • Tetracoccus Blackall et al. 1997
  • Tuberoidobacter Nikitin 1983^[24][25][26]
• Nemzetséghez nem sorolt fajok
  • Vibrio adaptatus Muir et al. 1990
  • Vibrio cyclosites Muir et al. 1990

A jelenleg elfogadott taxonómia forrása a List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)^[3] és teljes genomelemzés.^{[6][* 1]} Az alosztálynevek forrása Ferla et al. (2013).^[1]

Bár csak kevés tanulmány számolt be természetes genetikai transzformációról az Alphaproteobacteriában, e folyamat ismert a Rhizobium radiobacter,^[28] a Methylobacterium organophilum^[29] és a Bradyrhizobium japonicum fajokban.^[30] Ez ivaros folyamat, mely során az egyik baktériumtól egy másikig a közegen keresztül átkerül DNS, és a donorszekvencia a recipiens genomba homológ rekombinációval integrálódik.

• Alphaproteobacteria a U.S. National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH) honlapján
• Bacterial (Prokaryotic) Phylogeny Webpage: Alpha Proteobacteria. Archiválva 2010. május 10-i dátummal a Wayback Machine-ben.